organ paip yang dipasang di gereja adalah yang terpakai yang dibina pada tahun 1898 oleh Henry Willis, pembuat organ Inggeris terkenal yang juga membuat organ untuk Katedral St Paul di London dan yang asli [ [Organ Dewan Diraja Albert|Organ Besar]] daripada Dewan Diraja Albert. Organ itu pada asalnya dibeli oleh Frederic Duberly, Pesuruhjaya Persekutuan Tanah & Galian dan Pemangku Residen Pahang untuk kegunaan peribadinya pada tahun 1898 dengan kos £381/12s,/8d. Duberly meninggal dunia akibat serangan jantung pada 3 April 1903, dan organnya telah dibungkus dan dihantar ke Kuala Lumpur. Pada tahun 1904, organ itu telah dipasang di St. Mary dan didedikasikan pada 7 Ogos 1904 tetapi dibongkar sejurus selepas itu kerana pemilikan organ itu tidak diserahkan kepada gereja. Hanya pada tahun 1915 apabila gereja akhirnya membayar Duberly pelaksana sejumlah $2,000 dan organ itu akhirnya dipasang di sebelah utara gereja sehingga tahun 1926.

Pada tahun 1925 dan 1926, organ itu telah rosak teruk oleh dua banjir. Ia telah dibaiki oleh R. Myram dan dipindahkan ke kedudukannya sekarang di loteng di atas paras lantai. Pada tahun 1927, pembina organ tunggal Kuala Lumpur, James A Riddell, membina semula organ tersebut dan menggantikan kebanyakan paip kayu, papan pedal, peti angin, dan beberapa kunci. Ia telah rosak teruk sekali lagi semasa Perang Dunia Kedua yang memerlukan pembinaan semula sepenuhnya pada tahun 1951, menjadikan organ itu lebih Riddell daripada Willis pada masa itu. Hakikat bahawa kerja Riddell mengingatkan kerja Willis dengan kuat menunjukkan bahawa Riddell mungkin bekas perantis atau pengembara Henry Willis & Sons.[1]